Selang beberapa tahun kemudian, Ahmad Dofiri dimutasi menjadi Kapolda Banten. Tak berlangsung lama, Ahmad Dofiri lalu dirotasi menjadi Karosunluhkum Divkum Polri.

Pada 2016. Ahmad Dofiri kembali digeser dan menjabat Kapolda DIY. Selama menjabat Kapolda DIY, Dofiri menangani sejumlah kasus menonjol. Salah satunya kasus penyebaran hoax yang mencatut nama Gubernur DIY Sri Sultan HB X.

Pada 2018, Ahmad Dofiri juga menangani kasus penyerangan Gereja Katolik Santa Lidwina Bedog, Kecamatan Gamping, Sleman. Dofiri mengatakan pelaku penyerangan itu terkait jaringan teroris.

Di tahun yang sama, Ahmad Dofiri juga mendapat kenaikan pangkat menjadi Irjen atau jenderal bintang dua. Saat itu Polda DIY ditingkatkan statusnya menjadi tipe A.

Setelah beberapa tahun menjabat Kapolda DIY, Ahmad Dofiri kemudian ditarik kembali ke Mabes Polri dan diberi tugas sebagai Aslog Kapolri. Hampir setahun menjabat, Ahmad Dofiri kembali dimutasi ke Tanah Priangan.

Pada 2020, Ahmad Dofiri ditunjuk sebagai Kapolda Jabar yang baru. Ahmad Dofiri lalu menjabat sebagai Kepala Badan Intelijen Keamanan (Kabaintelkam) Polri pada Oktober 2021, kemudian pada awal 2023 dia mendapat promosi menjadi Itwasum Polri.